Solowe albumy studyjne
1.Niandra LaDes and Usually Just a T-Shirt (8 marca 1994)
2.Smile from the Streets You Hold (26 sierpnia 1997)
3.From the Sounds Inside (2000/2001)
4.To Record Only Water for Ten Days (13 lutego 2001)
5.Shadows Collide With People (24 lutego 2004)
6.The Will to Death (22 czerwca 2004)
7.Inside of Emptiness (26 października 2004)
8.Curtains (1 lutego 2005)
9.The Empyrean 20 stycznia 2009
EPki
Estrus EP (1997)
Going Inside EP (5 marca 2001)
DC EP (14 września 2004)
Razem z Joshem Klinghofferem
A Sphere in the Heart of Silence (23 listopada 2004)
Razem z Ataxią
Automatic Writing (10 sierpnia 2004)
Automatic Writing II (29 maja 2007)
Razem z Red Hot Chili Peppers
Mother's Milk (16 sierpnia 1989)
Blood Sugar Sex Magik (24 grudnia 1991)
What Hits!? (29 września 1992)
Californication (8 czerwca 1999)
By the Way (9 lipca 2002)
Greatest Hits (17 listopada 2003)
Live In Hyde Park (26 lipca 2004)
Stadium Arcadium (5 maja 2006)
Gościnnie
1988 - Kristen Vigard - Kristen Vigard (Slave to My Emotion)
1999 - Anytime at All - Banyan (Grease the System oraz La Sirena)
1999 - Rev - Perry Farrell (Rev)
1999 - You Come and Go Like a Pop Song - The Bicycle Thief (Cereal Song)
2000 - Fishbone and the Familyhood Nextperience Present: The Psychotic Friends Nuttwerx - Fishbone (Shakey Ground)
2001 - The Id - Macy Gray (Sweet Baby)
2001 - Blowback - Tricky (Girls and Wonder Wonder)
2002 - American IV: The Man Comes Around - Johnny Cash (Personal Jesus i We'll Meet Again)
2002 - 24 Hour Party People Soundtrack (New Dawn Fades)
2003 - Underworld Soundtrack (Bring Me the Disco King - Lohner Mix)
2003 - Unearthed - Johnny Cash (Heart of Gold)
2003 - Dragonfly - Ziggy Marley (Rainbow in the Sky)
2003 - De-Loused in the Comatorium - The Mars Volta (Cicatriz ESP)
2003 - The Brown Bunny Ost
2004 - Tempo Technik Teamwork (Grisaisse 1)
2004 - A Manual Dexterity: Soundtrack Volume One - Omar Rodriguez-Lopez (Dyna Sark Arches, Dramatic Theme, Here the Tame Go By oraz The Palpitations Form a Limit)
2005 - Frances the Mute - The Mars Volta (L'Via L'Viaquez)
2005 - The Word is Life - Yes (boczne uwagi)
2006 - Music for the Divine - Glenn Hughes (This Is How I Feel oraz Nights in White Satin)
2006 - Amputechture - The Mars Volta (cały album z wyłączeniem Asilos Magdalena)
2006 - Modern Folk and Blues Wednesday - Bob Forrest (boczny wokal i gitara w utworze Dying Song oraz gitara w innych kompozycjach)
2006 - GSL: The Special 12" Single Series - John Frusciante i Omar Rodriguez-Lopez (0=2 oraz 0)
2007 - Samurai Workout (dvd przyrodniego ojca Johna, na którym znajdują się niektóre utwory Johna)
2007 - Se Dice Bisonte, No Bufalo - Omar Rodriguez-Lopez (If Gravity Lulls oraz I Can Hear the World Pant)
2007 - Ultra Payloaded - Satellite Party (Hard Life Easy)
2007 - Only Built 4 Cuban Linx II - Raekwon (The Brass - razem z Ghostface Killah)
2007 - Hourglass - Saw Something - Dave Gahan
2007 - The Bedlam in Goliath - The Mars Volta
2007 - The 8 Diagrams - Wu-Tang Clan
2008 - Satisfied - Taylor Dayne
2008 - Digi Snacks - RZA as Bobby Digital
2009 - Octahedron - The Mars Volta
2010 - Man Meat - Swahili Blonde
